Stone chuyển từ Los Angeles đến Greenwich Village, thành phố New York vào năm 2009.[16] Năm 2016, cô chuyển về Los Angeles.[9] Mặc dù các phương tiện truyền thông thường xuyên phỏng vấn, nhưng nữ diễn viên đã từ chối nói về cuộc sống riêng tư của mình. Stone muốn một cuộc sống "bình thường", cô ấy nói rằng cô ấy tìm thấy ít giá trị trong sự chú ý của giới truyền thông.[109] Cô đã bày tỏ sự yêu thích đối với nghề diễn,[9] và trích dẫn nữ diễn viên Diane Keaton - một người có ảnh hưởng với Stone, người mà (theo Stone) là "một trong những nữ diễn viên kín đáo nhất mọi thời đại". Cô cũng gọi nữ diễn viên, ca sĩ kiêm nhạc sĩ Marion Cotillard là một trong những cảm hứng của cô.[17]

Stone có một mối quan hệ mật thiết với gia đình.[17] Cô ấy nói: "Tôi được ban phước với một gia đình vĩ đại và những người tuyệt vời xung quanh tôi. Tôi thực sự may mắn."[110] Trong quá trình sản xuất The Amazing Spider-Man năm 2010, Stone đã hẹn hò với Andrew Garfield.[111] Mối quan hệ của họ đã được các phương tiện truyền thông chú ý. Cặp đôi này từ chối nói chuyện công khai, mặc dù họ đã xuất hiện cùng nhau. Vào năm 2015, họ đã được thông báo là đã chia tay.[112][113]

Theo Stone, cô ấy bị chứng hen suyễn, cô ấy phát hiện ra khi khó thở trong lúc quay phim Easy A.[114] Mẹ cô được chẩn đoán bị ung thư vú ba lần và được chữa trị vào năm 2008.[115] Stone và mẹ cô đã cử hành bằng cách xăm chân chim, do Paul McCartney thiết kế, có liên quan đến "Blackbird" của The Beatles, đó là bài hát mà cô và mẹ cô yêu thích.[116] Cô đã xuất hiện trong một chiến dịch của Revlon thúc đẩy nhận thức về ung thư vú.[117] Năm 2011, nữ diễn viên này đã có một video hợp tác giữa Star War và Stand Up to Cancer nhằm gây quỹ cho nghiên cứu ung thư.[118] Hai năm sau, cô đã tham dự một sự kiện của Câu lạc bộ Gilda, một tổ chức làm việc với mục đích tương tự.[119] Từ năm 2012 đến năm 2014, cô đã tổ chức những cuộc thi chạy, đi bộ với Revlon, giúp tuyên truyền chống lại ung thư.[120]

Stone, cùng với ba người nổi tiếng khác, đã có mặt tại lễ trao giải Nickelodeon HALO 2012.[120] Vào năm 2014, nhân một dịp ở New York, Stone và Garfield đã khuyến khích các nhiếp ảnh gia đến thăm các trang web, làm lan rộng nhận thức về nguyên nhân của chứng tự kỷ.[121] Cô đã tham dự Giờ Trái đất năm 2014.[122] Năm 2015, cô tham gia một sự kiện gây quỹ để hỗ trợ Quỹ Motion Picture & Television Fund, giúp đỡ những người trong ngành công nghiệp truyền hình và điện ảnh có nguồn lực hạn chế hoặc không có.[123]